โรงเรียนมัธยมสิริวัณวรี ๓ ฉะเชิงเทรา ก่อตั้งในปี พ.ศ. ๒๕๓๐ มีฐานะเป็นหน่วยการเรียนมัธยมศึกษาตอนต้นบ้านหนองคอก ซึ่งเป็นสาขาโรงเรียนสนามชัยเขต เปิดทำการสอนครั้งแรกวันที่ ๑๖พฤษภาคม ๒๕๓๐ ต่อมาในปี พ.ศ. ๒๕๓๑ กรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการประกาศตั้งหน่ายการเรียนมัธยมศึกษาตอนต้นบ้านหนองคอกขึ้นเป็นโรงเรียนหนองคอกวิทยา เป็นโรงเรียนประจำกิ่งอำเภอท่าตะเกียบ จังหวัดฉะเชิงเทรา ที่แยกออกจากอำเภอสนามชัยเขตในเวลาต่อมา
         ด้วยพระมหากรุณาธิคุณของพระบาทสมเด็จพระปรเมนทรรามาธิบดีศรีสินทรมหาวชิราลงกรณ พระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว ที่มีพระราชดำริทรงรับโรงเรียนที่อยู่ในถิ่นทุรกันดารทั่วประเทศเข้าเป็นโรงเรียนในพระราชูปถัมภ์ จำนวน ๖ โรงเรียน หนึ่งในจำนวนนั้นคือ โรงเรียนหนองคอกวิทยา กิ่งอำเภอท่าตะเกียบ จังหวัดฉะเชิงเทรา และทรงมีพระมหากรุณาธิคุณให้เปลี่ยนชื่อโรงเรียนเป็น “โรงเรียนมัธยมวัชรวีร์” พร้อมทั้งเสด็จพระราชดำเนินเยี่ยมโรงเรียน ดังนี้  

         ๒๗ กรกฎาคม ๒๕๓๒ พระบาทสมเด็จพระปรเมนทรรามาธิบดีศรีสินทรมหาวชิราลงกรณ พระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จพระราชดำเนินในการประกอบพิธีวางศิลาฤกษ์อาคารเรียน
         ๓๐ กรกฎาคม ๒๕๓๓ พระบาทสมเด็จพระปรเมนทรรามาธิบดีศรีสินทรมหาวชิราลงกรณ พระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จพระราชดำเนินในการประกอบพิธีเปิดป้ายอาคารเรียน
         ๓๐ กรกฎาคม ๒๕๓๔ พระบาทสมเด็จพระปรเมนทรรามาธิบดีศรีสินทรมหาวชิราลงกรณ พระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จพระราชดำเนินเยี่ยมชมโรงเรียน พร้อมตั้งปลูกต้นราชพฤกษ์ ซึ่งเป็นต้นไม้ประจำโรงเรียน บริเวณหน้าอาคาร ๑
         ๓๐ สิงหาคม ๒๕๓๕ พระบาทสมเด็จพระปรเมนทรรามาธิบดีศรีสินทรมหาวชิราลงกรณ พระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จพระราชดำเนินเยี่ยมชมโรงเรียน

         ๑๕ สิงหาคม ๒๕๓๗ พระบาทสมเด็จพระปรเมนทรรามาธิบดีศรีสินทรมหาวชิราลงกรณ พระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จพระราชดำเนินเยี่ยมชมโรงเรียน
         ๗ กรกฎาคม ๒๕๔๐ พระบาทสมเด็จพระปรเมนทรรามาธิบดีศรีสินทรมหาวชิราลงกรณ พระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว มีพระบัณฑูรพระราชทานนามโรงเรียนเป็น “โรงเรียนมัธยมสิริวัณวรี ๓ ฉะเชิงเทรา”
         ๑ มีนาคม ๒๕๔๒ สมเด็จพระเจ้าลูกเธอ เจ้าฟ้าสิริวัณณวรี นารีรัตนราชกัญญา เสด็จพระราชดำเนินเยี่ยมชมโรงเรียน พร้อมทั้งปลูกต้นพญาสัตบรรณ ด้านหน้าอาคาร ๑